卵巢巧克力囊肿形成的原因有：

一、女性的子宫内膜在正常的情况下，是在宫腔之中生长的，随着每个月女性生理期的到来，子宫内膜会剥落之后重新开始增厚生长。但是由于内膜开始在女性的卵巢进行生长，在生理期的时候这一部分内膜并不会随着离开自己的，而是在卵巢的位置淤积，随着长在卵巢位置的内膜不断增厚，淤积的内膜越来越多，使得卵巢的位置出现了囊肿。

二、内分泌因素。该因素是最常见的卵巢囊肿的病因，卵巢虽小，却是产生卵子并排卵、内分泌激素、平衡内分泌的重要器官，多发生于内分泌旺盛的生育年龄，所以认为与内分泌失调有关。

三、分娩、多次流产等。巧克力囊肿主要是由于月经期子宫壁剥脱的子宫内膜碎片，因引流不畅，不能全部从阴道排出，有少量经输卵管向盆腔倒流。凡是能影响月经血从阴道流出的，包括阴道闭锁、子宫颈口狭小、子宫后倾、多次人工流产后子宫颈口粘连、月经期性生活等，都能导致发生卵巢巧克力囊肿。