目前导致卵巢巧克力囊肿的病因，其实不是特别明确，只能考虑可能是由于多次妊娠和分娩，人工流产或者是慢性的盆腔炎症，甚至是由于在月经期同房等原因导致，而具体的原因没办法进行确诊判断。

由于卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位到卵巢上形成，所以就会导致进行性加重的痛经表现，而且囊肿过大还会影响生育功能，甚至是出现囊肿的破裂。一般在囊肿超过5公分以后，多需要考虑行腹腔镜手术将其切除，而且在术后还需要使用曲普瑞林来预防巧囊的复发。