造成胎儿畸形的原因可能众多，并不一定所有的胎儿畸形问题都能够找到很明确的原因。

比如有一部分胎儿畸形有可能会遗传相关，比如唇腭裂，会有遗传因素或者后天外界因素导致。也有一些畸形问题是和宝妈有血糖高或者是其它各种病原体感染有关，比如支原体感染或者衣原体感染，或者是巨细胞病毒感染，或者弓形虫感染等相关。

也有的畸形问题可能和有污染的环境或者是食物结构等相关，比如有大剂量的辐射或者是有毒、有害的工种等。