儿童打疫苗后发烧39℃，建议家长立即给孩子物理降温的同时，按照医生的指导适当给孩子服用退热药物进行治疗。通常比较常用的药物是对乙酰氨基酚，要严格遵照医嘱剂量服用。

同时家长要立即带宝宝去医院就诊，由医生根据孩子的具体情况进行全血常规检查，目的是明确细菌感染还是病毒感染所致，然后遵医嘱给予对症的抗感染药物。病毒感染常用的药物为利巴韦林颗粒，细菌感染常用药物为阿莫西林克拉维酸钾颗粒。

另外，家长要严密监测孩子的体温变化。如果持续升高，应立即随处给予静脉滴注抗感染药物，改善孩子上述症状。