多系统萎缩主要和以下几个疾病相鉴别：

1、帕金森病：帕金森病的典型临床表现为静止性震颤、肌强直和运动迟缓，可以有自主神经功能障碍，但不如MSA严重，并且对多巴胺类制剂有良好的治疗效果。MSA虽然有帕金森样的症状，但以肌强直为主，震颤少见，对多巴胺类制剂的治疗效果差。

2、体位性低血压：老年人常见，为单纯的自主神经功能障碍，不伴有帕金森病样的症状和小脑症状。常见于药物性、贫血及血容量不足。老年人长时间卧床突然起立以时容易诱发。 3、进行性核上性麻痹：有类似帕金森病样症状，表现为肢体僵硬、活动减少、肌张力增高、语言含糊和吞咽困难，可合并认知功能障碍。但进行性核上性麻痹的肌张力增高主要是轴性增高，表现为特征性的站立和行走时向后倾倒以及双眼垂直性注视麻痹（以下视麻痹为主），对多巴胺类制剂反应也较差。

以上疾病主要是和MSA-P型相鉴别，那么，MSA-C型还应该与多种遗传性和非遗传性小脑性共济失调相鉴别。