巧克力囊肿是有可能导致流产的。

巧克力囊肿是卵巢的子宫内膜异位囊肿，当发现有巧克力囊肿时，大多这一侧的卵巢会有皮质增厚、粘连、不排卵等情况，并且对侧的卵巢大多也会有子宫内膜异位症的改变，会有黄体形成不良、黄体功能不足的表现。在怀孕后当分泌的孕酮值太低时，就可能导致流产或者胎停的后果。

所以，对于既往有检查确诊有子宫内膜异位症的女性，或者在怀孕后检查发现有巧克力囊肿时，需要及时抽血化验孕酮值，做好保胎治疗，并且在怀孕期间定期做彩超检查，了解胎儿的发育情况。