巧克力囊肿有些还是需要手术治疗的。如果药物治疗后症状不缓解，局部病变加重，或者生育功能没有恢复，以及一些较大的卵巢巧克力囊肿，还是需要通过手术治疗来切除病灶，恢复解剖，腹腔镜手术是首选的手术方法。

巧克力囊肿是否需要手术治疗主要是看巧克力囊肿的大小，是否伴有相关症状、症状的严重程度、是否影响生育等各个方面进行综合评估。巧克力囊肿是由于子宫内膜异位到卵巢上而形成的，有些会导致明显的腹痛，明显的痛经。有些会影响卵巢的分泌功能，会导致月经异常，会使卵巢实质病变，导致排卵障碍，引起黄体功能不足，引起不孕，容易流产。

一些比较大的卵巢巧克力囊肿有可能发生自发性破裂，会发生急腹症，会引起盆腔的广泛粘连，会影响盆腔的微环境，大部分是需要手术治疗的。