胰腺结石和胆囊结石通过手术取石很难全部取出结石。对于胰腺结石容易引起反复胰腺炎发作、胰腺功能损伤，甚至胰腺癌的发病风险增加等并发症。因此，胰腺结石在诊断明确后，需积极取出结石，解除梗阻，预防胰腺功能的进一步损害。

手术方法根据结石的大小及部位，而选择内镜下取石或者胰腺部分或全部切除。如果手术进行结石取出术者，术后有可能出现结石残留及复发。

对于胆囊结石现在一般不主张采用保胆取石手术，直接行胆囊切除术更安全并且并发症少。