目前在临床上，肛周脓肿的手术方式分为两种。

第一种是分期手术，

第二种是根治性手术。

分期手术一般是先将脓肿切开引流，待二期形成肛瘘以后，3个月以后再行肛瘘根治性手术。而一次性根治术，目前在临床是最常采用的，低位的肛周脓肿可以行一次性切开根治手术，可以达到一次性治愈，避免二次手术。

而高位的肛周脓肿可以采取一次性的挂线术，也可以一次性治疗治愈，不需要二次手术。