对于念珠龟头炎引起最主要的并发症是导致患者泌尿生殖系统感染，因为在龟头有念珠菌感染，那么可能念珠菌会上行引起尿道感染以及进入到膀胱和前列腺、精囊、睾丸、附睾，从而引起患者泌尿系统炎症以及生殖系统炎症。

泌尿系统炎症会导致患者尿路刺激症状的产生，而生殖系统炎症会损害精子质量，因此可能导致患者不孕不育的产生，对于念珠龟头炎必须及时去泌尿外科进行彻底治疗，同时要禁忌性生活，防止女性被交叉感染。