脐尿管囊肿一般是会引起小肚子痛的。因为脐尿管囊肿通常开口于小肚子部位，或者膀胱部位，这种情况下会引起腹腔组织感染，或者膀胱感染，感染后会压迫腹部，导致小肚子疼痛。

脐尿管囊肿需要通过手术的方法治疗，如果合并腹腔感染，还需要搭配对应的抗炎、抗菌类药物治疗。

治疗期间要保持尿道清洁卫生，避免引起尿道炎导致尿道水肿，加重小肚子疼痛症状。术后患者在平时生活中，要避免压迫腹部、避免经常憋尿，否则会影响腹部血液循环，影响术后恢复。