功能性便秘的治疗需要根据具体症状采取药物予以缓解，临床上常用的药物有导泻药物，促进胃肠动力药物、软化大便的药物、肠道益生菌类药物等。由于功能性便秘并没有明显的器质性病变，是因为饮食、情绪、生活，以及排便习惯等因素导致的大便干结、排便困难现象。

多数情况下经过药物治疗后，便秘症状能够很好缓解。也有个别患者因为病情反复，病情时间较长等需要进行长期治疗或者手术治疗。

另外，功能性便秘还可以结合中药，针灸，推拿等中医治疗，有润肠通便的作用。