尿道里面隐隐痛，通常考虑是急性尿道炎或者慢性尿道炎，引起尿道壁水肿、淤血，压迫尿道神经导致的。这时会伴随着尿道灼热感，于尿道口分泌物增多，尿道分泌物有异味现象，需要做尿常规检查和尿道B超检查确诊。

另外，尿道囊肿或者尿道结石，也是引起尿道里面隐隐作痛的常见原因之一。患病后会伴随着尿道异物感和尿道肿胀感，同时会引起尿分叉、尿线变细，严重时会引起尿道黏膜破损，导致尿血。

建议面诊医师确诊后积极抗炎治疗，或者明确是由于尿道囊肿或者结石导致的，可以选择手术的方法将囊肿切除，将结石排出。