小肠癌的病因目前临床上，并没有完全明确。有一部分学者认为跟患者的生活习惯，和饮食习惯有一定关系。还有的人认为跟家族遗传基因有一定关系。

如果长期处于一种不运动的状态，体内脂肪囤积过多对小肠的负担过重，就有可能发生小肠癌。因为不良的生活习惯和饮食习惯，会造成小肠功能的紊乱，使肠道内的代谢物不能排出体外，就会在局部蓄积，产生毒副作用，从而引起小肠癌的发生。

如果家族有消化道肿瘤史，再有高危因素。比如高血压、糖尿病、高血脂，这些基础疾病的情况，就有可能会增加小肠癌发病几率。