肛门里面痛，患者可以通过以下一些检查方法，明确引发疼痛的原因：

首先，是肛门视诊，可以观察肛门周围皮肤是否有异常红肿、是否有异常赘生物、肛门内是否有异常肿物脱出。

其次，是肛门指诊，需要检查患者肛门松紧度、是否有肛门狭窄或者肛门失禁、肛管以及直肠下端是否可触及异常的肿块或者结节，如果有需要判断位置、大小、范围等等，局部是否有压痛症状、肛门内是否有脓性分泌物以及血性分泌物。

最后，是辅助检查，主要为肛门镜检查、结肠镜检查，以及肛门周围彩超、磁共振、CT、排粪造影等等检查方法。

通过以上三方面，基本就可以对肛门周围的疾病做出初步或者准确的诊断。