流感发烧、肚子疼有可能是病毒感染，患者发病后可能会出现咳嗽、发热、头痛、拉肚子等症状。

如果患者有明显肚子痛，也有可能是病毒感染导致肠道系统出现紊乱，严重还容易出现腹泻现象，这些情况都属于肠道病毒感染。如果患者想要确诊疾病，可以通过血常规或者大便常规检查。如果患者确诊为病毒感染后，可以服用抗病毒药物医治。

流感发烧、肚子疼也有可能是上呼吸道感染，引起胃肠功能紊乱引起腹痛，应该明确诊断后对症治疗，日常还要多补充维生素B以及维生素C缓解症状。