肛瘘手术后疼主要就是由于肛瘘属于开放性的伤口，创口不进行缝合，创口边缘的神经末梢组织会裸露，在排便的过程当中或者是在活动的过程当中，刺激到伤口就会产生疼痛的情况。

另外，还有一部分肛瘘手术后的患者，由于局部的清洁度不够，有粪水存留，也可以刺激手术的伤口发生疼痛的情况。

再者，还有一部分是由于换药不及时，创面引流不通畅，发生了桥形愈合，可能会有粪水以及脓水存留，会再次出现手术伤口疼痛的情况。

肛瘘手术后疼痛，如果是神经末梢组织刺激所引起，可以使用止疼药物口服。术后合理使用止疼药物，不会影响伤口的愈合。