少部分肛瘘手术后不能完全根治，还会复发。肛瘘根治的方法只有手术治疗。

一般的低位单纯性肛瘘手术可以达到完全根治，高位复杂性肛瘘手术后存在一定的复发，复发的主要原因是不恰当的治疗，如手术方法不当、手术不完全、内口没处理好、手术后伤口处理不当、换药不及时造成假愈合等。

如果术后复发，还需要再次手术，不及时手术，肛瘘感染会反复发作，形成复杂性瘘管，感染范围扩大，给再次手术带来难度，使术后再次复发率增加。