感冒发烧时并不可以做肛瘘手术。

首先，人体在感冒发烧时免疫功能比较低下，此时进行肛瘘手术有可能会增加手术切口感染的概率，也会影响术后的恢复。

其次，在感冒发烧时，可能会并发有细菌感染，以及咳嗽等上呼吸道症状。而肛瘘术后如果咳嗽会导致腹压增加，就有可能引发手术切口疼痛以及出血等症状。

再次，肛瘘大多是择期手术，应该避开有急性疾病发作期时进行手术。

所以，感冒发烧的肛瘘患者应先治疗感冒发烧，待完全恢复后再择期行肛瘘手术。