反流性食管炎主要的临床表现是因为胃的内容物反流至咽喉部所引起的不适，有可能会出现胸骨后疼痛感以及烧心，疼痛可以放射至胸部、肩部、颈部以及耳后，部分患者还可能会出现吞咽困难以及胸骨后的异物感。

如果患者有引起食管痉挛，有可能会出现吞咽困难，尤其是反流性食管炎的患者不及时的治疗，引起食管狭窄、吞咽困难的临床表现更为明显。胃内的反流物也可能会损伤食管以外的组织或者器官，导致患者出现反复的慢性咳嗽以及咽喉部异物感。

严重的患者有可能会引起吸入性的肺炎或者肺间质纤维化。