两个肾脏都有结石的处理方法如下：

1.要观察双肾结石大小、存在位置，以及是否有伴随症状。如果是泥沙样结石，需要多饮水，多排尿，多运动，使结石尽快排出。

2.积极寻找导致双肾发生结石的原因，如居住环境、水源、甲状旁腺功能，以及是否合并先天性的肾发育不良，如马蹄肾和海绵肾等，需要进行正确处理。

3.改变生活习惯，尽可能以清淡饮食为主，减少蛋白质摄入。尤其是嘌呤类食品摄入，防止结石再次形成或者长大。

4.需要进行专科处理。如果结石比较大，可以采用肾镜、输尿管镜以及体外碎石，或者手术方式等使结石取出。