巧克力囊肿手术后是否会复发与所进行的手术方式有关，巧克力囊肿是子宫内膜异位症当中较常见的一种病理类型，是由于子宫内膜异位至卵巢所形成的。

其手术治疗是一种常用的治疗方式，如果进行的是保留生育功能手术，主要是针对年轻、有生育要求的女性，由于术后复发率约在40%，所以为了减少复发，建议术后尽快怀孕或者使用某些药物继续治疗。

如果选择为根治性的手术方式，这主要适用于年龄达到45岁以上的女性，其术后的复发率就很低了。因此，女性在治疗前，建议在医生指导下进行手术方式的选择。