对于巧克力囊肿的治疗原则，就是一旦明确为巧克力囊肿，应尽快手术切除治疗，手术方式选择腹腔镜手术。

尤其对于巧克力囊肿的直径已经超过4个厘米，同时患者有不孕或者有严重的痛经，痛经应用各种药物治疗，未见好转者，治疗方式还是以手术为首选。

若已完成生育需求，手术之后可以辅助药物控制病情，因为手术后还是有一定的复发率。若是有生育需求，可以在术后尽快怀孕，必要时辅助生殖技术协助怀孕。