部分角膜软化症可能会有一定的后遗症状。

如果角膜软化症患者在病症的初期，及时给予相应的维生素A补充和症状治疗，可有效缓解病情。如果病位控制在角膜上皮及眼表结膜，后期修复较快，可无明显的后遗症状。

部分患者病情控制不及时，出现角膜位置的糜烂、角膜基质层破损，甚至出现角膜溃疡、角膜穿孔等并发症，后期病情恢复后，也会遗留有角膜混浊、瘢痕的可能，影响角膜的透明度，屈光力有所下降，患者视力也会相应地减退，严重时甚至失明。