小便的时候尿道疼，应根据具体的诱因对症采取治疗措施。

如果是感染诱发急性尿道炎，引起小便时尿道疼痛，需要积极进行抗感染治疗。常用药物主要有头孢克肟胶囊、盐酸莫西沙星片、盐酸左氧氟沙星胶囊等，有利于促使炎症消退，缓解临床症状。

如果是泌尿道结石造成小便时尿道疼痛。应根据结石大小采用药物排石、冲击波碎石，以及尿道镜下取石等疗法，促进结石排出，当结石排出后，可使小便时尿道疼痛症状消失。

如果是泌尿道损伤所引起，针对轻微的损伤，可在受伤后的24小时内进行局部冷敷，24小时以后可酌情进行热敷处理。如果损伤比较严重，则需要及时到医院就诊。