小便的时候尿道刺痛，一般与尿道破损有关。例如患有尿道结石时，容易压迫尿道组织，使尿道组织破损，排尿时尿液会刺激破损部位，从而使尿道疼痛。

如果是尿道组织破损引起，通常还会伴随着尿血和尿道肿胀感，需要做尿道超声检查和尿常规检查确诊。

另外，小便时尿道刺痛还和妇科疾病或者生殖系统疾病，比如阴道炎、精索静脉曲张、输精管炎、睾丸炎压迫尿道组织有关。所以，还应当做妇科和生殖系统相关检查，明确具体病因。