三个月的宝宝如果总是揉眼睛通常考虑是眼睛不舒服，比如眼睛出现了瘙痒或者疼痛，造成了宝宝总是揉眼睛，主要见于以下几种原因：

1.宝宝如果出现了眼睛有异常的分泌物，出现了结膜炎、角膜炎，造成了眼睛疼痛，可以造成宝宝总是揉眼睛。所以，要适当给宝宝用一些眼药水，治疗眼睛感染的情况。

2.宝宝总是揉眼睛有可能是宝宝出现了过敏性结膜炎，这时候会造成宝宝眼睛明显瘙痒，有的会出现明显的流鼻涕，是过敏的表现。如果是这种情况，要适当应用一些抗过敏的眼药水，缓解过敏的症状。