眼角部位出现的扁平疣，可以选择使用外用药物或者是液氮冷冻的方式来进行去除掉。

这种扁平疣本身属于人类乳头瘤病毒感染局部组织以后导致的一种改变，选择使用外用药物方面可以使用组人干扰素凝胶，也可以选择使用一些具有腐蚀性的外用药物，比如鬼臼毒素或者是足叶草脂酊。但是在涂抹这些腐蚀性药物的时候需要注意，不可以涂抹到眼睛里，避免造成刺激。

而选择液氮冷冻的方式治疗，建议使用棉签蘸取液氮，在浅表冷冻就可以，不建议使用液氮冷冻枪。因为冷冻枪冷冻的层次较深，有可能会对眼睛造成损害，所以不要这么做。