肛瘘手术后大便失禁多长时间恢复，要根据患者的病情而定，不可以一概而论。

肛瘘主要是瘘管出现感染所引起，做手术是治愈肛瘘唯一的方法，但是术后会出现并发症，就是大便失禁。症状不严重的属于短暂的大便失禁，症状较严重的会形成永久性的大便失禁。

如果是暂时性的大便失禁，术后进行伤口消毒换药，并做盆底肌和提肛运动锻炼肛门肌肉，大概一个月左右就可以恢复。但如果手术过程中损伤了肛门括约肌，形成永久性的大便失禁，这种情况很难恢复。