宝宝早上起床咳嗽的原因包括以下两方面：

1.考虑是生理性因素导致。由于宝宝一整晚的呼吸道和肺部的内分泌物聚集在咽喉部，反射性的刺激导致咳嗽症状出现。这属于正常的现象，待痰液咳出后症状会逐渐缓解。家长可以给宝宝少量喝点温开水，促进痰液稀释易于咳出。

2.考虑是因为病理性因素导致。其中包括宝宝患有慢性咽喉炎，早上起床后吸入较寒凉的空气导致咳嗽。或者宝宝患有鼻炎或者鼻窦炎等，导致呼吸道的分泌物刺激咽喉部出现的咳嗽。建议家长要及时带宝宝去医院检查，明确诊断后遵医嘱给予对症治疗。