呼吸暂停综合征的患者可以导致高血压、冠心病，也是心脑血管疾病首发症状。还可以导致各类心律失常，呼吸衰竭、肺源性心脏病、脑血管疾病、糖尿病、精神类疾病等。

主要引起其他疾病的根本原因，还是由于呼吸暂停综合征导致的低氧血症，或高碳酸血症。

呼吸暂停综合征的危害是非常大的，所以建议存在该病症的患者，一定要明确导致呼吸暂停综合征的原因，然后根据原因针对性治疗。越早治疗，形成其他并发症的风险也就会越来越低。