男性生殖道有炎症，比如：前列腺炎、精囊炎、龟头炎、输精管炎等疾病。由于炎症刺激，导致生殖器官充血、水肿，在射精时这些器官收缩，就出现射精疼痛。

男性性生活过于频繁、频繁手淫、同房动作太过于猛烈、阴茎海绵体过度充血、水肿，出现海绵体损伤等，也可以导致射精疼痛。

射精疼痛还可以见于生殖器肿瘤疾病，前列腺、精囊、附睾等部位的肿瘤，早期肿瘤体积比较小，射精痛不明显。随着肿瘤的体积增大，性生活时受到刺激，就会引起明显的疼痛。