卵巢囊肿是否会影响怀孕，要进行具体的分析，卵巢囊肿有很多种类，有的是生理性的卵巢囊肿，一般直径会小于5厘米，只是一层光滑的囊壁，其中是液体这样的囊肿，一般不影响怀孕。

另外，还有囊肿是子宫内膜异位囊肿，也就是常说的巧克力囊肿，巧克力囊肿如果在5厘米以内，没有囊肿破裂的情况下，也可以怀孕，而怀孕本身对于子宫内膜异位囊肿还是一个治疗的手段，但是在怀孕过程中，还要小心，由于巧克力囊肿比较容易破裂，如果发生急性的腹痛，有可能是由于囊肿破裂引起。

在孕期是需要进行密切的监测，而5个厘米以上的巧克力囊肿，不建议带着囊肿怀孕，因为破裂的风险比较大。这样建议先进行手术治疗以后再次怀孕。