与手术的方式有关，比如因卵巢囊肿手术行一侧卵巢切除术，术后患病侧没有卵巢组织，术后就不会复发。对于行双侧卵巢切除术的女性，那就更不可能还会有卵巢囊肿的复发的问题。此卵巢囊肿的手术是不会复发的。

对于保留卵巢功能，行卵巢囊肿的剥除术或卵巢的部分切除术的女性，术后就有可能会复发。在卵巢囊肿的手术中，巧克力囊肿术后复发的机会是最大的，因为卵巢巧克力囊肿因与月经有关。它是异位的内膜生长在卵巢里面形成的，切除以后因月经的存在，术后复发的概率很高，都会术后予以药物治疗。

对于其它良性的囊肿行卵巢囊肿的剥除术后，因卵巢存在术后还是有复发的机会，但几率还是比较低。对于多次复发，没有生育要求，可行一侧的切除。