早上起床肚子疼，首先要考虑是不是夜间腹部受凉引起。这种情况下引起的腹痛，一般会伴随腹泻，轻度的腹泻大概2~3天会好。比较严重的需要进行治疗，大概1周才会痊愈，要看个人体质。

其次，要考虑是胃肠疾病引起的症状，如果是上腹部疼痛，可能是胃炎等胃部疾病引起。如果是下腹部疼痛，可能是结肠炎等肠道疾病引起。

建议如果经常感觉到疼痛，可以通过相关的检查来确定是什么疾病造成，比如胃镜或肠镜，肝、胆、脾、胰腺等的彩超检查等。