药物治疗肛乳头瘤，主要采取局部外用药物治疗，通过药物肛入来缓解患者局部水肿、疼痛等症状，一般不会有什么明显的副作用。

对于肛乳头瘤患者的治疗，可以局部使用痔疮膏、痔疮栓等外用药物，同时可以考虑利用1:5000浓度稀释的高锰酸钾溶液坐浴，并清洗肛周，能够促进局部粘膜水肿消退、改善局部疼痛等情况。

在用药治疗过程中，也需要患者注意饮食情况调整，多吃一些芹菜、菠菜等蔬菜、瓜果，能够保持大便通畅，减轻对肛管的刺激，能够帮助患者改善症状。