引起鼻咽癌的病因有很多种，比较受到人们关注的主要是EB病毒的感染、遗传因素、环境和饮食因素等所导致。在一些研究中发现，EB病毒的感染与鼻咽癌的发生具有一定的关系。

除了EB病毒的感染之外，如果病人的机体还存在着生理和免疫学的相关因素，就可以在很长的一段时间内导致鼻咽癌的发生。

此外，还有研究发现，鼻咽癌的发生有种族和家族聚集的倾向。一部分鼻咽癌的病人是有家族史的，这也提示了遗传因素在鼻咽癌的发生中具有一定的作用。有研究报道，食用咸鱼和腌制食物，是中国南方鼻咽癌高发的一个因素。