阴茎起水疱可采取以下处理办法：

1.阴茎起水疱主要跟病毒感染有关，遵医嘱服用抗病毒药物，可有效抑制体内病毒的繁殖和复制，改善阴茎起水疱的情况。

2.如果伴有疼痛，可遵医嘱服用非甾体类抗炎药物，以达到止疼的目的。

3.如果同时合并细菌感染的情况，需要使用抗生素类药物来控制炎症反应。

4.遵医嘱服用具有清利肝胆、健脾利湿、育阴清热功效的中药，也可以帮助改善阴茎起水疱的情况。

5.平时要加强对阴茎表面皮肤的护理，尽量保持皮肤表面的干燥、洁净。