阴茎上面长水疱，通常是由于阴茎受到烫伤或者外力压伤，引起阴茎皮下黏膜水肿导致的，通常会伴随着阴茎皮肤潮红、疼痛、肿胀现象。

另外，阴茎上面长水疱，还和阴茎皮肤受到细菌、病毒侵犯，引起阴茎皮肤发炎有关，会伴随着明显的阴茎皮肤瘙痒感。

其次，阴茎上面长水疱，还和尖锐湿疣或者梅毒有关。如果是梅毒引起的通常会有不洁的性生活史，会导致阴茎皮肤溃烂。建议做血尿常规检查和阴茎皮肤黏膜分泌物检查，明确具体病因。存在该症状后，要保持阴茎清洁、卫生。