月经过后小肚子疼、腰酸，可能是妇科疾病导致，可以给予物理治疗，也可以药物治疗。

1.有些女性存在气虚或血虚，月经期间由于盆腔充血，经血流出不畅，就存在痛经现象，月经过后还会有不舒服的症状。这种情况症状比较轻微，不需要用药治疗，可以注意保暖，进行腹部和腰部热敷改善，也可以进行红外线理疗。

2.有些女性得了子宫内膜异位症、子宫腺肌症等疾病，在月经过后还会存在小肚子疼或腰酸痛等症状。这种情况下症状比较严重，应该及时去医院进行相关检查，明确诊断后根据疾病严重程度进行治疗。可以口服止痛药物治疗，可以宫腔内放置左炔诺孕酮缓释系统治疗，也可以给予口服地诺孕素治疗，必要时进行手术治疗。