首先，两者的病原体不同。丙型肝炎病原体是丙肝病毒，甲型肝炎病原体是甲肝病毒。

其次，两者的传播途径不同。丙型肝炎可以通过母婴传播、血液传播和性传播，而甲型肝炎的传播途径只有消化道传播。

再次，两者的疾病转归不同。丙型肝炎可以为慢性化感染，最终可能进展为肝硬化，而甲型肝炎多为急性感染，最终靠机体都能清除甲肝病毒。

最后，两者的治疗方案也不同。除了两者都需要护肝、降酶、退黄治疗之外，丙肝病毒还需要抗病毒治疗，抗病毒药物有干扰素联合利巴韦林，或者口服抗病毒药物DAAS，但是甲型肝炎并不需要抗病毒治疗。