炎症性肠病出现肠穿孔、腹腔脓肿还有肠梗阻、不能控制的大出血、中毒性巨结肠，通过内科治疗无效时也可考虑通过手术治疗。

炎症性肠病治疗的主要原则，主要通过患者的病变部位以及病变程度，可考虑维持治疗或诱导缓解的方法治疗。

治疗的目的主要是维持或缓解患者的病情，还要预防并发症改善患者的生命质量延长生存期，药物治疗主要是氨基水杨酸类药物、糖皮质激素类药物、免疫抑制剂、生物制剂等。

克罗恩病的患者通过药物治疗无效，可通过手术切除肠组织；溃疡性结肠炎通常发病部位在结肠，也可考虑通过手术切除直肠或结肠。