慢性肠炎一般不需要手术治疗。

假如患者有出现肠穿孔继发性腹膜炎等病变时，有可能需要进行手术治疗，可以将病变的肠段切除起到治疗的目的。大部分慢性肠炎的患者可以通过保守治疗的方式，缓解症状，可能需要给患者口服葡萄糖电解质溶液，预防脱水或者治疗轻度的脱水。

如果腹泻症状较为严重，有可能需要给患者使用止泻的药物。假如患者做大便常规或者大便的培养，明确有病原微生物感染时，还需要给患者合理使用抗生素来促进疾病的缓解。