洋葱假单胞菌天然对常用的大多数抗生素耐药，它对第一代和第二代头孢菌素及传统的抗假单胞菌青霉素，如替卡西林耐药。头孢他啶对菌株有效，米诺环素对菌株有效，早期选择性静脉应用妥布霉素、头孢他啶、氯霉素、磺胺甲恶唑可能有效，亦可雾化吸入妥布霉素。尽管洋葱假单胞菌体外药敏试验对大多数抗生素耐药，联合化疗如氨基甙类抗生素和β-内酰胺类抗生素合用仍可能有效。