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洋葱假单胞菌为机会致病菌,对健康人体和动物致病力较低,部分病人的鼻窦可能有洋葱假单胞菌生长,以至形成吸入性肺炎。大部分菌株产蛋白酶和脂酶,细菌可能通过释放毒素和酶直接破坏肺组织,引起坏死性或其他类型肺炎、肺脓肿等;部分菌株能合成吩嗪色素,该色素能阻滞淋巴细胞增生。
部分病人还有免疫复合物形成参与组织破坏,如合并铜绿假单胞菌感染,可能和铜绿假单胞菌有协同作用。
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