肛隐窝开口向上呈一个袋状结构，所以容易积存粪便或异物。当干结质硬的粪块，将肛窦肛瓣摩擦损伤后，粪便或异物内的细菌就容易导致肛隐窝发生感染。

肛隐窝发生细菌感染时，应及时进行抗感染治疗，以防感染加重，导致肛门直肠周围的软组织感染，从而形成肛周脓肿。

治疗肛隐窝感染时应先取肛隐窝处的分泌物，送细菌培养并进行药物敏感实验，结果未出来之前可先根据临床经验使用头孢类的药物或左氧氟沙星。结果出来之后，再根据药敏实验调整抗菌药物的使用。