小儿先天性巨结肠与肠道畸形为两种不同的疾病，发病机制不同。

小儿先天性巨结肠是神经发育障碍引起的，导致胃肠蠕动变慢，而引起不排便、便秘的情况，其肠道本身是没有明显的畸形症状。而肠道畸形是肛门直肠先天性发育障碍引起的。

临床表现方面，小儿先天性巨结肠症状主要为腹胀、便秘，可以通过扩肛来进行缓解。而肠道畸形一般需要通过手术来解决排便的问题。所以这是两种不同的疾病，不是一样的。