乳腺囊性增生的病因尚不清楚，但目前认为和以下因素有关：

1、雌激素水平失衡。如雌激素水平相对比较高，持续过度刺激可导致乳腺导管上皮和间质成分异常增生形成肿瘤。

2、高脂饮食可改变肠道菌群，使之来自胆汁的类固醇在结肠中转化为雌激素，进而刺激乳腺导管上皮及间质纤维组织增生引起本病。

3、正常乳腺的各部组织对雌激素敏感性的高低不一，所以对敏感性高的局部组织易患本病。

由于个体局部解剖、生理特性的差异，致使不同妇女乳腺组织对雌激素刺激的敏感性不同，对雌激素刺激敏感的妇女容易得此病。

4、还有可能和遗传有关。