3岁的宝宝反复发烧40℃的时候，要及时给宝宝服用退烧药物。退烧药物可以服用布洛芬或者对乙酰氨基酚等。服完退烧药后，最好及时给宝宝少量喝温开水，通过喝温开水可以加速药物代谢，促进宝宝排汗、排尿等，对体温的下降有一定促进作用。

除了吃退烧药外，最好查明宝宝反复发烧的原因。造成宝宝反复发烧，可能是病毒、细菌或者其他微生物感染，最好去医院查血常规以及流感检查。如果确诊是细菌感染造成的发烧，要在医生的指导下，合理应用抗生素药物进行治疗，必要的时候静脉输入抗生素进行治疗。

如果是确诊流感造成的发烧，要及时给孩子服用奥司他韦等进行治疗。