肛门瘘管发炎化脓了，一般先采取保守治疗。

患者可以通过使用抗生素抗炎，局部使用高锰酸钾溶液坐浴等等治疗，控制局部的感染，等感染控制后，局部组织的水肿就会消退，然后再进行手术治疗，这样可以提高手术的成功率，降低手术的创伤。

但如果使用药物无法控制局部炎症时，说明局部引流并不通畅，还是应该尽早行手术治疗，手术方式可以按脓肿一次性根治进行，手术时需要明确内口的位置，再将内口与外口之间的组织完全切开，虽然创伤偏大，但也能达到一次性手术治愈的目的。